发生在结肠的克隆病往往被误诊为溃疡性结肠炎，因为两者相似之处太多，如腹痛、腹泻、脓血便，镜下见肠黏膜溃疡等，故二者需要进行仔细的鉴别。鉴别要点如下。

（1）腹痛部位和程度：发生在结肠的克隆病也多以右半结肠为主，另外，克隆病腹痛程度较重，腹部肿块比较常见，右侧腹部可以有固定的压痛点；而溃疡性结肠炎发病部位主要在直肠和左半结肠，常表现为左下腹隐痛，鲜有腹部肿块，多数患者腹部无明显的固定的压痛点。

（2）局部并发症：克隆病的肛周并发症非常常见，以瘘管为主；而溃疡性结肠炎少有肛周病变。另外，克隆病很少见直肠出血；而溃疡性结肠炎几乎100％有直肠出血。

（3）内镜下的表现：在纤维结肠镜下，克隆病的结肠病变呈节段性、跳跃性分布，在两段受累结肠之间的肠黏膜是正常的；另外，克隆病可见裂隙状溃疡和卵石征。溃疡性结肠炎的内镜特点是肠黏膜的糜烂，溃疡呈现无规律的弥散状分布，其溃疡极易发生接触性出血，无裂隙状溃疡和卵石征。