肠壁穿孔：发生率为0.11%~0.26%。多因插入时操作不当，镜端顶破肠壁引起；或因活检钳咬取组织时穿破所致；检查过程中注人过量气体，使肠腔内压力过高，加上机械性原因使肠壁破损或原有病变使肠壁变脆弱也易发生穿孔。

肠道出血：发生率为0~0.75%。操作动作粗暴造成黏膜撕裂可发生肠道出血；插人时镜身擦伤大肠原有病变组织也可引发肠道出血。另外，活检时如果咬取组织过大、过深，并在血管显露部位时也易引起出血。

脾破裂：是非常少见的并发症。纤维结肠镜插入过程中如对结肠过度牵拉，超过脾结肠韧带承受的负荷，致脾包膜破裂，使脾实质暴露，即会使脾极易受损伤破裂。

浆膜撕裂：亦称不完全性穿孔，也是较少见的并发症。检查时如注人过多空气，肠壁内压力会升高，肠管过度伸展，肠壁紧张，当压力超过浆膜所能承受的限度时浆膜便会发生撕裂。

肠扭转、肠套叠：主要是操作时过度扭曲镜身或注气过多，产生乙状结肠的扭转与肠套叠。一般缓慢退镜，可以防止扭转发生。

不过患者也不必过分担心，在正规医院有资质医师的操作下，并发症发生的概率很小，即使发生，也能得到及时有效的救治。